Uncharted 4: A Thief's End endte med at være et fremragende spil, men faktisk havde spillet ret så mange problemer under udviklingen, med udskiftninger af ansatte, Amy Hennigs oplevelse og den ene forsinkelse efter den anden. Disse skyldes at Hennigs aller første designudlægning for spillet var meget, meget anderledes end den færdige version, og det har journalist Jason Schreier skrevet om i hans nyeste bog Blood, Sweat and Pixels: The Triumphant, Turbulent Stories Behind How Video Games Are Made.
Først og fremmest skulle hele første halvdel af spillet afvikles uden våben til spilleren, for at skabe en tættere forbindelse imellem historien og mekanikkerne. Derudover skulle Nathan skyde på klipper for at skabe indhak til at klatre på, som dog sidenhen blev erstattet med klatregrej.
Til sidst var broren, Sam Drake, faktisk spillets skurk, men dette blev selvfølgelig vendt lidt på hovedet.
