Forestil dig en situation, hvor du dræber en pilot og derefter har hans færdigheder. Derefter tager du livet af en bokser, og så kan du også det. Der er i virkeligheden tale om den menneskelige forsøgskanin Alex, der er havnet midt i en stor konflikt mellem militæret og de mennesker, der smittes af en ny og hurtigt muterende virus. I Prototype, der på mange måder minder en del om Crackdown, får du chancen for selv at skabe den ultimative dræbermaskine ved at dræbe så mange forskellige mennesker som overhovedet muligt, i jagten på at blive ude af militærets kløer.
Hele 750 forskellige færdigheder er spillet udstyret med, og derfor kan Alex, spillets helt, forvandle sig til næsten hvad som helst. Prototype udvikles af samme hold, der i sin tid stod bag Incredible Hulk: Ultimate Destruction, og der snakkes meget om, hvordan spillet rent miljømæssigt kommer til at se ud. Man skal tilsyneladende kunne interagere med stort set alt omkring sig, og samtidig har spillet valgt at bruge den samme enkle kontrolmetode som f.eks. Gears of War, hvor en knap er mere end nok til det meste.
Der er desuden gode muligheder for at ødelægge stort set alt, og efter en given eksplosion er der røg i luften i flere minutter, du kan bruge til at undslippe via. Denne røg forsvinder naturligvis hurtigere, hvis det regner eller blæser kraftigt. Præcis som med Crackdown så er der mulighed for at spille Prototype igennem med en ven, hvor I begge hele tiden lærer nye færdigheder. Det lyder, som om spillet kunne blive rigtig godt.