Ved Gamescom 2016 afslørede Nier: Automatas producer, Yosuke Saito, at spillet vil tage længere end 25 timer at gennemføre, og han afslører også flere detaljer om sidemissionerne.
Han siger at spillet ikke kræver at du gennemfører sidemissioner for at gennemføre, men for at se den sande slutning, skal spillere gennemføre nogle af disse. Mange af dem handler bare om at du skal finde et objekt eller lignende, men nogle fortæller også dybe historier.