Der er ingen tvivl om at Echoes var en værdig opfølger til det oprindelige Metroid Prime. Alligevel har toeren ikke solgt i nærheden af etteren, hvis der kigges på de nøgne salgstal.
Således kan NPD Group meddele at mens Echoes er solgt ca. 470.000 eksemplarer hen over julen i USA, så solgte originalen tilbage i år 2002 intet mindre end 722.000 eksemplarer i samme periode.
Helt præcis hvad det slunkne salg skyldes vides ikke, men flere analytikere peger på at dette skyldes Nintendos bevidste satsning på den yngre målgruppe og det faktum at Echoes var forsynet med en Teen-rating, hvilket gjorde at store dele af målgruppen ikke kunne købe spillet.
Indtil dato er det originale Metroid Prime solgt i mere end 1.2 millioner eksemplarer.