Jason Rubin og Andy Gavin grundlagde Naughty Dog helt tilbage i 1985, dengang under navnet Jam Software. Deres første mange år udviklede de blandt andet spil til Amiga og 3DO, titler som det nok er de færreste, der kan huske navnene på uden at slå op på Wikipedia. Men de ramte plet i 1996, da de lavede det første Crash Bandicoot-spil til PlayStation 1 i samarbejde med Universal Games. To succesfulde efterfølgere senere, og med en ny konsolgeneration lige om hjørnet, lod de sig opkøbe af Sony. Dels for at få finansiel sikkerhed, dels for at blive fri fra Universal.
Rettighederne til Crash Bandicoot kunne de ikke få med sig i handlen, og derfor udviklede Naughty Dog figurerne Jak & Daxter, der blev bragende successer på PlayStation 2. Rubin og Gavin forlod studiet under arbejdet med det tredje spil i serien. Naughty Dog fortsatte ufortrødent og lancerede Uncharted-serien, og udgav sidste år The Last of Us - et af de mest kritikerroste og prisbelønnede spil nogensinde.