For det meste er mindre udviklingshold kun bestående af ét internt hold, men får udviklere lov til at vokse og trives, bliver der i sidste ende hyret så mange ansatte ind, at det kan være værd at splitte ud i flere interne hold.
Naughty Dog fulgte dog ikke denne trend i lang tid, indtil holdet endelig splittede i to, hvoraf det ene hold lavede Uncharted 3: Drake's Deception, og det andet begyndte på The Last of Us.
Nu ved vi dog, takket være Colin Moriarty i podcast-udsenden PS I Love You XOXO, at Naughty Dog er gået tilbage til at være ét hold. Dette skulle eftersigende være delvist grundet Amy Hennigs exit, men også fordi at produktionen på Uncharted 4: A Thief's End krævede samtlige ressourcer.