Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots er muligvis en af de mest episke og fornemme fortællinger i lange tider, men fans der vælger at gå online i Metal Gear Online, oplever desværre meget lidt af dette, hvis der er en fortælling at spore, så må det være et mareridt. Online er Snake og vennerne nemlig præget af massive problemer.
Konami har nemlig ikke fået bugt med de server-problemer som firmaet allerede oplevede under beta-perioden, og da firmaet forleden udsendte den såkaldte Gene Expansion til spillet, så oplevede 490 kunder, at de ikke fik den omtalte pakke selvom de betalte for den. Serverne blev taget offline, Konami arbejdede på problemet og nogle timer senere var det rettet.
Hvad der dog stadig ikke er rettet er Konamis Reward Shop, hvor man kan udstyre sin karakter med ekstra udstyr. Denne er stadig offline, og Konami ved ikke hvornår den kommer online igen.
Konami indrømmer at spillet har væsentlige serverproblemer og at firmaet har stødt på dem lige siden betaen i april. Samtidig siger firmaet, at de gør alt hvad de kan, for at få glattet det hele ud så hurtigt som muligt.