I Spider-Man: Web of Shadows sættes edderkoppen i en mildest talt ret så ubehagelig situation. Symbioten som udgør Spider-Mans sorte dragt, og som forvandlede Eddie Brock til Venom, har forøget sin styrke. Masser af Symbioter har fundet vej til jorden, og det er tid til at dele tæsk ud. Heldigvis har han fået selskab af ingen anden end Wolverine, den arrige dødskonge som forstår hvordan den slags skal håndteres.