David Young fra Nintendo of America afslørede under GDC at The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D vil indeholde både original- og Master Quest-versionen af spillet.
Master Quest-udgaven beholder historien og omgivelserne fra originalspillet, men tilfører sværere dungeons og puzzles. Oprindeligt var denne udgave kun tilgængelig for dem, der købte et af de første oplag af GameCube-spillet The Legend of Zelda: Wind Waker.