Efter den succes der blev Uncharted 2: Among Thieves, så splittede Naughty Dog sig selv op i adskillige hold, noget de aldrig havde gjort før. Amy Hennig ledte det ende, og Neil Druckmann og Brucy Straley ledte det andet.
Det holdt dog kun i et par år, og studiet besluttede så kun at håndtere et enkelt aktivt projekt ad gangen, og fusionerede tilbage til ét centralt hold. Siden da har de flirtet med konceptet flere gange, og selv i dag er der flere ideer der udvikles i studiet, og spørger man en af lederne, så er det stadig ikke helt ideelt.
I den seneste udgave af Game Maker's Notebook fortæller Naughty Dog-leder Evan Wells, at i dag er problemet stadig, at ét projekt får størstedelen af opmærksomheden:
"The amount of effort that was required to finish Uncharted 3 at the time was stealing resources away from The Last of Us, and we never got to the point where we had two full productions going. I would say even today we're just short of that. We definitely have multiple projects, but only one that is getting the lion's share of focus at any time."
Dog noterer han, at de ikke gør ligesom så sidst, og de andre ideer er fortsat i præproduktion.