Der har været en del problemer med Phantasy Star Online i Japan. Spillere der benytter sig af en højhastighedslinie og modem, har haft problemer med at komme på serveren, ligesom de også ryger af den, når de endelig kommer på. Sega lover at ordne det hele gratis.
Fra og med december giver Sega gratis de købere af spillet en helt ny version, som ikke indeholder de fejl. At køberen skal gøre er at indsende deres spil, bon, serial nummer og den kode som de har fået til at logge på med, så vil det hele blive rettet. Firmaet undskylder endvidere for de problemer det må have skabt, og beklager at nogle brugere ikke har haft mulighed for at spille Phantasy Star Online.
Sega kan forsikre at denne fejl ikke vil være at finde i hverken de amerikanske eller europæiske udgave.