I en tid med mange terrorhandlinger, skal selv spiludviklere passe på med at inkludere for virkelige scenarier i deres spil. Det har Sony Bend måtte sande, efter at Syphon Filter: The Omega Strain er kommet en smule i modvind.
Det er et af spillets levels der er problemet. Episoden udspiller sig i undergrundsbanen i Toronto, hvor en gruppe terrorister har taget kontrollen over toget. Dette skulle trafikdepartementet ikke være synderligt glade for og politikerne i Quebec blev nærmest rasende, da de opdagede at gruppen var opkaldt efter en virkelig terroristgruppe, der tilbage i 1970erne kidnappede og dræbte en politiker.
Dette har naturligvis fået Sony til at sadle om - nøjagtig som firmaet sidste år gjorde med The Getaway og Syphon Filter: The Omega Strain vil nu blive sluppet uden denne bane. Sonys canadiske afdeling sagde følgende om hele sagen:
"We deeply regret any misunderstanding this may have caused. The product in its current state is being withdrawn and the production version worldwide will contain no component related to the Quebec separatist adventure."