Der er ikke mange store hemmeligheder at udforske i Metroid Prime 4: Beyond, da spillet faktisk er overraskende lineært, men en af de centrale og mere mystiske dele af spillet drejer sig om et objekt, du bliver introduceret til meget, meget tidligt.
Når du begynder din udforskning gennem Fury Green, støder du på Altar of Legacy, et mærkeligt udseende objekt kort efter hub-området, hvor du lader Mac rode med gamle fremmede relikvier. Det er her, du får besked på at fylde denne genstand op med en masse Green Energy Crystals gemt rundt om i verden, men hvad betyder det, og hvorfor skulle du overhovedet gøre det?

For det første findes krystallerne stort set udelukkende i det åbne ørkenområde Sol Valley, selvom du ellers måske støder på nogle få her og der. Du kan samle dem ved blot at smadre igennem dem på Vi-O-La, hvor powerslide-bevægelsen er særligt effektiv til at ramme alle krystallerne i én hurtig handling. Du vil så sluge dem alle og tilføje dem til din samling, hvilket heldigvis aldrig rigtig forklares, hvor mange du skal bruge som belønninger, hvor mange du har, eller hvor mange der i alt er rundt om i verden. Der er en grafik i menuen, men den er næppe specifik...

Under alle omstændigheder smadrer du disse krystaller og samler så mange som muligt, mens grafikken gradvist fyldes op. Mac, som han elsker, ødelægger overraskelsen, når du når en milepæl, så hold ørerne åbne for hans opkald, mens du kører rundt Sol Valley, men ellers er et godt tidspunkt at tjekke tilbage, når du overskrider 25%, 50%, 75% og 100% markeringerne. Disse er delvist markeret med hullerne i grafikken eller ved at farven på grafikken skifter fra grøn til lyseblå (dette sker efter 100% på den grønne grafik).
Når du når disse milepæle, kan du vende tilbage til Altar of Legacy og gemme dine krystaller for utroligt nyttige belønninger, der påvirker din Psychic Beam, Control Beam og rustning.

Psychic Beam -opgraderingen får dine skud til at rejse hurtigere og give mere skade, en meget hjælpsom opgradering, efterhånden som spillet skrider frem. Control Beam -forbedringen er lignende, da projektilet nu bevæger sig hurtigere, hvilket gør det lige så nyttigt, men det virkelige bedste er Legacy Suit.
Dette er den sølv- og sorte rustning til Samus Aran, og den bringer et par forbedringer, hvoraf en er en ny funktion, der kan skabe en beskyttende barriere omkring Samus ved at trykke og holde R nede til prisen af 35 Missile Ammo. Den anden funktion er forbedringen af Samus ' visiret, som skaber en kompaseffekt, der viser, hvornår du er tæt på Green Energy Crystals i Sol Valley. Grundlæggende gør det det meget nemmere at finde eventuelle oversete krystaller.
Så der har du det. Derfor bør du absolut samle Green Energy Crystals og fortsætte med at fylde Altar of Legacy, selvom det kan være sindssygt kedeligt at cruise rundt i ørkenen og smadre krystaller...